In einer fiktiven Welt sucht die Strohhutbande, eine Gruppe von Piraten unter der Führung von Monkey D. Ruffy, nach dem legendären Schatz One Piece des Piratenkönigs Gol D. Roger alias Gold Roger. Nebenher werden auch die Hintergrundgeschichten einzelner Charaktere in Rückblenden näher beleuchtet.
Die Serie ist in große Handlungsbögen unterteilt, an deren Ende meist ein Kampf gegen einen mächtigen Gegner steht. Dabei töten Ruffy und seine Crew ihre Gegner jedoch nicht: Eiichiro Oda begründet dies damit, dass die besiegten Gegner durch ihre Niederlage ohnehin das Ende ihrer Träume und Überzeugungen erleiden. Einige ehemalige Gegner kehren im späteren Verlauf der Geschichte mit oft positiven Motiven zurück, teilweise gibt es aufgrund gemeinsamer Interessen dann eine zeitweilige Zusammenarbeit.
Zusätzliche Nebenhandlungen ergeben sich durch Coverstorys, die weitere Erlebnisse von bereits besiegten Gegnern oder zurückgelassenen Freunden und Mitstreitern zeigen und zum Teil neue Charaktere einführen. Der jeweilige Handlungsstrang kann dabei zu einem späteren Zeitpunkt auch wieder zur Haupthandlung zurückführen. Ein Beispiel ist die von Fans so benannte Buggy-Coverstory: Nachdem der Pirat Buggy von Ruffy besiegt wurde, erlebt er eine kleine Odyssee abseits des Hauptgeschehens und kehrt später zurück, um sich an Ruffy zu rächen.